STUDI VARIABILITAS GENETIK 30 GENOTIPE PADI (ORYZA SATIVA L.) MENGGUNAKAN BEBERAPA MARKA SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEAT) TERPAUT ZN

Tiwi Rumondang Pangaribuan, Muhammad Syafi'i, Elia Azizah, Untung Susanto, Furry Pramudyawardani, Desi Prastika

Abstract


Padi merupakan salah satu komoditas penting di Indonesia. analisis keragaman genetik padi diperlukan untuk keberhasilan program pemuliaan  varietas padi lokal. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi variabilitas genetik dan pola kekerabatan tiga puluh genotipe padi (Oryza sativa L) menggunakan beberapa marka SSR terpaut Zink. Penelitian dilaksanakan pada bulan September - Desember 2021 di Laboratorium DNA  Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, Sukamandi. Sebanyak 30 genotipe padi lokal dengan kandungan Zn yang beragam telah dianalisis menggunakan eksperimen laboratorium. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi alel yang berbeda  (2 - 8) di antara genotipe-genotipe yang di uji dengan rerata jumlah alel 4,5, sedangkan rerata nilai Polymorphism Information Content (PIC) sebesar 0,48  (0,20 - 0,70). Terdapat 4 marka SSR yang memiliki nilai PIC > 0,5 yaitu RM162, RM38, RM30 dan RM80 yang menunjukkan bahwa marka-marka tersebut informatif untuk studi keragaman genetik padi dengan ragam kandungan Zn dengan rerata nilai diversitas gen sebesar 0,53. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa 30 genotipe tersebut mengelompok menjadi lima kelompok dengan koefisien kemiripan 0,68.

Keywords


informasi polimorfisme; keragaman genetik; marka SSR; padi; Zn

Full Text:

PDF

References


Ahmadi, E., & Rukadi. 2019. Uji multilokasi galur-galur padi kandungan zn tinggi di kabupaten kuningan. Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 353–361.

Carsono, N., Lukamn, P., Damayanti, F., Susanto, U., & Sari, S. 2014. Identifikasi Polimorfis Marka-Marka Molekuler Yang Diduga Berkaitan Dengan Karakter Daya Hasil Tinggi Pada 30 Genotip Padi. Chimica et Natura Acta, 2(1), 91–95.

Hamam, M., Pujiasmanto, B., & Supriyono. 2017. Peningkatan Hasil Padi (Oryza sativa L.) dan Kadar Zink dalam Beras melalui Aplikasi Zink Sulfat Heptahidrat. Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy), 45(3), 243–248

Liyanan, Septianingrum, E., & Kusbiantoro, B. 2015. Kandungan Unsur Mineral Seng ( Zn ), Bioavailabilitas Dan Biofortifikasinya Dalam Beras. Jurnal Sungkai, 3(2), 65–73.

Nei, M., & Takezaki, N. 1994. Estimation of Genetic Distances and Phylogenetic Trees from DNA Analysis. 5th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, 21, 405–412.

Welch, R. M., & Graham, R. D. 2004. Breeding for micronutrients in staple food crops from a human nutrition perspective. Journal of Experimental Botany, 55(396), 353–364.

Pasaribu, A., Agustina, L., & Suryanto. 2017. Analisis Awal Keragaman Molekular Kelapa Sawit (Elaies guineensis Jacq.) Menggunakan Lima Primer Ssr (Simple Sequences Repeats). Jurnal Pertanian Tropik, 4(1), 47–56.

Rohaeni, W. R., Susanto, U., Yunani, N., Usyati, N., & Satoto. 2016. Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR. Jurnal AgroBiogen, 12(2), 81–90.

Sulistyawati, Purnamila., & Widyatmoko. 2017. Keragaman Genetik Populasi Kayu Merah (Pterocarpus indicus) Menggunakan Penanda RAPD. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan, 11(1), 67–76.

Syafii, Muhammad., & Ruswandi, Dedi. 2019. Analisis Estimasi Jarak Genetik dan Hubungan Kekerabatan Genotipe Jagung Unpad Toleran Naungan Berdasarkan Marka SSR. Prosiding Seminar Nasional Agroteknologi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sunan Gunung Djati Bandung, 1(1), 406-416.

Xing, Chao., Elston, R., & Schumacher. 2005. Comparison of microsatellites, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and composite markers derived from SNPs in linkage analysis. Bmc Genetics, 6(1), 1–5.




DOI: http://dx.doi.org/10.31604/jap.v7i4.7479

Article Metrics

Abstract view : 585 times
PDF - 478 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Jurnal AGROHITA
Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Tapanuli Selatan
Jl. Stn Mhd Arief N0 32 Kota Padangsidimpuan, Sumatera Utara

ISSN Online : 2615-336X   ISSN Cetak : 2541-5956

 Lisensi Creative Commons

Jurnal AGROHITA disebarluaskan di bawah Lisensi Creative Commons Atribusi 4.0 Internasional.