KERAGAMAN GENETIK 30 GENOTIPE PADI(ORYZA SATIVA L) BERDASARKAN 9 MARKA SSR TERPAUT KANDUNGAN ZN

Rischa Ainunnisa Febriella, Untung Susanto, Fawzy Muhammad Bayfurqon, Hayatul Rahmi

Abstract


Aplikasi marka SSRs (Simple Sequence Repeats) dapat digunakan untuk menentukan keragaman genetik padi (Oryza sativa L.).Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik padi yang diuji berdasarkan aplikasi marka SSR yang dilaporkan terpaut dengan sifat kandungan Zn tinggi.Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, di Kabupaten Subang Jawa Barat pada bulan Mei 2021 sampai Agustus 2021. Hasil penelitian ini mendeteksi sebanyak 41 alel dengan rata-rata jumlah alel per marka 4,56 dan kisaran 2-10 alel per lokus. Rata-rata frekuensi alel mayor adalah 0,61 dengan nilai terendah 0,27 pada marka RM23 dan nilai tertinggi adalah 0,97 pada marka RM247. Nilai diversitas gen berkisar antara 0,06 (RM247) hingga 0,79 (RM23) dengan rata-rata 0,51. Nilai PIC (polymorphic information content) berkisar antara 0,06 (RM247) hingga 0,76 (RM23) dengan rata-rata 0,48. Analisis filogenetik menunjukan bahwa 30 genotipe padi terbagi menjadi 4 kelompok utama pada koefisien kemiripan genetic sebesar 0,44. Cluster pertama terdiri dari 15 genotipe padi, cluster kedua terdiri dari 12 genotipe padi, cluster ketiga terdiri dari 2 genotipe dan cluster keempat terdiri 1 genotipe padi

Keywords


Padi, Zinc, Keragaman Genetik, SSRs

Full Text:

PDF

References


Anderson, A., Churchill, G. A., Autrique, J. E., Tanksley, S. D., Sorrells, M. E. 1993. Optimizing Parental Selection for Genetic Linkage Maps. Genome, 36(1) : 181-186.

Badan Pusat Statistik. 2019. Luas Panen dan Produksi Padi di Indonesia. Diakses: https://www.bps.go.id/publication/2020/12/01/21930121d1e4d09459f7e195/luas-panen-dan-produksi-padi-di-indonesia-2019[ 22 April 2021].

Chen X, Temnykh S, Xu Y, Cho YG, McCouch SR. 1997. Development of a microsatellite framework map providing genome–wide coverage in rice (Oryza sativa L.). Theoretical and applied genetics 95:553–567

Dualembang, E., Musa, Y., Azrai, M. 2011. Karakterisasi Genetik Koleksi Plasma Nutfah Sorgum (Sorghum bicolor L. Moench) Berbasis Marka SSR (Simple Sequence Repeats). Jurnal Balai Penelitian Tanaman Serealia, 25: 1-15

Kusudaryati, D. P. D. 2013. Kekurangan Asupan Besi dan Seng Sebagai Faktor Penyebab Stunting pada Anak. Profesi (Profesional Islam): Media Publikasi Penelitian. 10 (1) : 57-61.

Lestari, P., Risliawati, A., Utami, D. W., Hidayatun, N., Santoso, T. J., Chaerani, C. 2017. Pengembangan Identitas Spesifik Berbasis Marka SSR Pada 29 Varietas Kedelai Lokal Indonesia. Jurnal Biologi Indonesia. 12 (2) : 219-229

Mutia, D. 2021. Identifikasi dan Karakterisasi Genetik Galur Mutan Kedelai (Glycine max L. Merril) Generasi M5 Berdasarkan Kandungan Asam Lemak Menggunakan Marka Simple Sequence Repeats (SSR). [Skripsi], Medan: Universitas Sumatra Utara.

McCouch SR, Teytelman L, Xu Y, Lobos KB, Clare K, Walton M, Fu B, Maghirang R, Li Z, Xing Y, Zhang Q, Kono I, Yano M, Fjellstrom R, DeClerck G, Schneider D, Cartinhour S, Ware D, Stein L. 2002. Development and mapping of 2240 new SSR markers for rice (Oryza sativa L.), DNA research: an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 9:199–207

Panaud, O, Chen X, McCouch SR. 1996. Development of microsatellite markers and characterization of simple sequence length polymorphism (SSLP) in rice (Oryza sativa L.). Theoretical and applied genetics 252: 597-607

Rohaeni W. R, Susanto U, Yunani N, Usyati N, Satoto. 2016. Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR.Jurnal AgroBiogen. 12 (2) : 81–90.

Somantri, I. H., Santoso, T. J., Minantyorini, A. A., Sisharmini, A., Apriana, A. 2002. Karakterisasi Molekuler Plasma Nutfah Tanaman Pangan. Prosiding Seminar Hasil Penelitian Rintisan dan Bioteknologi Tanaman. Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian

Sumarno.2006. Periodisasi Musim Tanam Padi Sebagai Landasan Manajemen Produksi Beras Nasional. Pusat Penelitian dan Pengembangan Tanaman Pangan, Bogor

Temnykh S, Park WD, Ayres NM, Cartinhour S, Hauck N, Lipovich L, Cho YG, Ishii T, McCouch SR. 2000. Mapping and genome organization of microsatellite sequences in rice (Oryza sativa L.). Theoretical and applied genetics 100:697–712.

Temnykh S, DeClerck G, Lukashova A, Lipovich L, Cartinhour S, McCouch S. 2001. Computational and experimental analysis of microsatellites in rice (Oryza sativa L.): frequency, length variation, transposon associations, and genetic marker potential, Genome research 11:1441–1452.




DOI: http://dx.doi.org/10.31604/jap.v7i1.6811

Article Metrics

Abstract view : 139 times
PDF - 84 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Jurnal AGROHITA
Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Tapanuli Selatan
Jl. Stn Mhd Arief N0 32 Kota Padangsidimpuan, Sumatera Utara

ISSN Online : 2615-336X   ISSN Cetak : 2541-5956

 Lisensi Creative Commons

Jurnal AGROHITA disebarluaskan di bawah Lisensi Creative Commons Atribusi 4.0 Internasional.